Радиоактивное вещество вводится внутривенно или вдыхается в виде газа до начала позитронной томографии. Затем в течение 30-90 мин пациента просят спокойно лежать и не разговаривать, т.к. физическая активность может повлиять на распространение вещества в организме. После нужного распределения радиоактивного вещества начинают сканирование, которое может занимать 30-45 мин. Иногда при исследовании сердца во время позитронной томографии пациенту дают дозированную физическую нагрузку, чтобы оценить кровоснабжение и функционирование сердца.

После окончания позитронно-эмиссионной томографии рекомендует пить много жидкости, чтобы быстрее вывести радиоактивное вещество из организма.